目前，中醫專業學位碩士研究生已經成為各中醫藥高等院校研究生培養的主要內容和各級中醫醫院的重要人才來源。全國政協委員、中國中醫科學院院長黃璐琦認為，現有模式培養的中醫專業學位研究生，主要按照國家統一制定的住院醫師規范化培訓要求進行培養，學生主要學習的是西醫基礎知識、基本技能、診斷檢查方式，如此培養出來的學生往往中醫水平不高，缺乏中醫臨證思維，中醫基礎理論不扎實，學生表示“沒有學到中醫的真本領”，用人單位則反映“缺乏中醫思維，臨癥水平不高”，偏離了“中醫專業學位碩士研究生應注重臨床能力、臨床研究能力、教學能力的全面培養，其能力水平應高于普通住院醫師”的初衷。
如何推進中醫專業學位研究生教育改革，進一步完善中醫專業學位研究生培養與中醫住院醫師規范化培訓有機融合，建立具有中醫特色和優勢的高層次中醫臨床人才培養模式是亟待解決的問題。黃璐琦建議：
一、完善目前的中醫專業學位碩士研究生住院醫師規范化培訓輪轉方案，增加中醫專科門診輪轉，且應在專業學位碩士培養第一階段進行，時間不少于3~6個月，培養選拔一批中醫臨床功底深厚、臨床療效顯著、醫德高尚的指導教師進行門診帶教，增強研究生的中醫臨床基本功及學科自信。
二、完善中醫專業學位碩士研究生培養方案、考核評估、學位授予標準等規章制度，其標準應高于中醫住院醫師規范化培訓標準;并提高其學習生活補貼，使其不低于普通住院醫師工資標準。
三、制定中醫專業學位博士研究生指導性培養方案、學位授予標準，并對于中醫專業學位碩士研究生的學位論文相關要求更加明確，符合中醫藥特點。
四、恢復中醫診斷學、中醫臨床基礎、方劑學等與臨床密切相關的二級學科招收中醫專業學位研究生。
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