(一)擬訂中醫藥和民族醫藥事業發展的戰略、規劃、政策和相關標準，起草有關法律法規和部門規章草案，參與國家重大中醫藥項目的規劃和組織實施。
(二)承擔中醫醫療、預防、保健、康復及臨床用藥等的監督管理責任。規劃、指導和協調中醫醫療、科研機構的結構布局及其運行機制的改革。擬訂各類中醫醫療、保健等機構管理規范和技術標準并監督執行。
(三)負責監督和協調醫療、研究機構的中西醫結合工作，擬訂有關管理規范和技術標準。
(四)負責指導民族醫藥的理論、醫術、藥物的發掘、整理、總結和提高工作，擬訂民族醫醫療機構管理規范和技術標準并監督執行。
(五)組織開展中藥資源普查，促進中藥資源的保護、開發和合理利用，參與制定中藥產業發展規劃、產業政策和中醫藥的扶持政策，參與國家基本藥物制度建設。
(六)組織擬訂中醫藥人才發展規劃，會同有關部門擬訂中醫藥專業技術人員資格標準并組織實施。會同有關部門組織開展中醫藥師承教育、畢業后教育、繼續教育和相關人才培訓工作，參與指導中醫藥教育教學改革，參與擬訂各級各類中醫藥教育發展規劃。
(七)擬訂和組織實施中醫藥科學研究、技術開發規劃，指導中醫藥科研條件和能力建設，管理國家重點中醫藥科研項目，促進中醫藥科技成果的轉化、應用和推廣。
(八)承擔保護瀕臨消亡的中醫診療技術和中藥生產加工技術的責任，組織開展對中醫古籍的整理研究和中醫藥文化的繼承發展，提出保護中醫非物質文化遺產的建議，推動中醫藥防病治病知識普及。
(九)組織開展中醫藥國際推廣、應用和傳播工作，開展中醫藥國際交流合作和與港澳臺的中醫藥合作。
(十)承辦國務院及衛生部交辦的其他事項。