辦公室
主要職責：1. 綜合協調局機關日常政務，擬訂局機關工作制度。2. 負責領導批示及其他…
機構設置：設秘書一處、秘書二處、新聞辦公室(文化建設處)、信訪辦公室(綜合處)
人教司
主要職責：1. 擬訂并組織實施中醫藥人才發展規劃和中醫藥專業技術人員資格標準…
機構設置：設干部處、人事處、綜合協調處、師承繼教處
規財司
主要職責：1．負責中醫藥事業中長期發展規劃擬訂工作。2．負責中央財政、基建、…
機構設置：設規劃投資處、預算財務處
法監司
主要職責：1. 擬訂中醫藥發展戰略和政策，組織開展中醫藥重大理論和實際問題的調查…
機構設置：設政策法規處(行政復議辦公室)、監督處
醫政司
主要職責：1. 擬訂中醫、中西醫結合、民族醫醫療和保健機構及其技術應用的管理規范…
機構設置：設醫療管理處、基層服務管理處、中西醫結合與民族醫藥處(綜合處)
科技司
主要職責：1．擬訂中醫藥科學研究、技術開發規劃并組織實施。2．指導國家中醫藥…
機構設置：設綜合處、中醫科技處、中藥科技處
國合司
主要職責：1. 擬訂中醫藥國際交流與合作規劃，并組織實施。2. 研究國際中醫藥發展…
機構設置：設亞美多邊處(港澳臺處)、歐大非洲處
機關黨委
主要職責：1. 負責局機關和直屬單位的黨群工作。2. 組織黨的宣傳、組織、統戰…
機構設置：設機關黨委辦公室(紀檢監察室)